Riche de plus de quatre cents antiquités issues principalement de l'importante collection Albert Maignan et de dépôts de l'Etat, la section égyptienne permet de découvrir non seulement des documents très originaux tels les montants de porte de Youyou, la statue stéléphore de Mâhou, la stèle de Pay ou le Ptah-Sokar-Osiris d'Horresnet, mais aussi des pièces exceptionnelles comme le serviteur funéraire d'Imenhotep, les fragments d'un coffret plaqué d'or au nom de Toutankhamon, sans oublier le fameux papyrus d'Amiens de la XXe dynastie.